Lange Zeit gab es im Land Salzburg aus wirtschaftlichen und strategischen Gründen keine Eisenbahn, doch das Jahr 1851 stellte einen Lichtblick dar. Die bayerische Regierung verpflichtete sich in dem am 21. Juni 1851 geschlossenen und am 3. August desselben Jahres ratifizierten Staatsvertrag Österreichs mit Bayern, eine Eisenbahnlinie von München über Rosenheim bis zur Staatsgrenze nächst Salzburg mit einer Abzweigung von Rosenheim nach Kufstein zu errichten. Im Gegenzug nahm Österreich die Aufgabe auf sich, die Verbindung von Kufstein nach Innsbruck sowie eine Eisenbahn von Salzburg nach Bruck an der Mur zu bauen.

Da die Verbindung Salzburg–Bruck an der Mur auf Grund des gebirgigen Geländes nur mit sehr großem Aufwand und hohen Kosten herzustellen gewesen wäre, wurde am 21. April 1856 ein weiterer Staatsvertrag mit Bayern geschlossen, in dem Österreich sich verpflichtete, an Stelle der Eisenbahn Salzburg–Bruck an der Mur eine Linie von Salzburg über Linz nach Wien zu errichten.

Auf Grund der 1856 erfolgten Konzessionserteilung gründeten der österreichische Generalkonsul zu Hamburg, Ernst Merck (1811–1863), und der Großhändler Hermann Dietrich Lindheim (1791–1860) mit ihren Partnern die „k.k. privilegierte Kaiserin-Elisabeth-Bahn-Gesellschaft“. Die Konzession wurde für den Bau und Betrieb der heutigen Westbahn von Wien nach Salzburg mit einer Abzweigung nach Passau erteilt. Es wurde gestattet, dass diese Bahn den Namen „Kaiserin-Elisabeth-Bahn“ führen dürfe.

Der österreichische Staat hatte zu Beginn des Eisenbahnzeitalters den Bau und Betrieb von Eisenbahnen gänzlich privater Initiative und privatem Kapital überlassen. Als staatliches Regulativ gab es nur die 1837/38 von Kaiser Ferdinand erlassenen „allgemeinen Bestimmungen über das bei Eisenbahnen zu beobachtende Concessionssystem“, in welchem die Rechte und Pflichten der privaten Eisenbahnbesitzer einerseits sowie des Staates andererseits festgelegt worden waren.

Einige Jahre später gab es, da private Mittel nicht ausreichten, neben den Privat- auch Staatsbahnen. Mit 1854, dem Höhepunkt des Staatsbahnbaus, waren 70 % aller Eisenbahnen (1.000 km) in der österreichischen Reichshälfte Staatsbahnen. Um die Wirtschaft nach der Finanzkrise von 1848 nicht weiter zu schädigen, wurde vermehrt privates Kapital zum Eisenbahnbau herangezogen und 1854 das Eisenbahn-Konzessionsgesetz (mit Erleichterungen und Anreizen für die Konzessionswerber) erlassen. Die schlechte finanzielle Lage des Staates erforderte es sogar, bereits vorhandene Linien zum Verkauf auszuschreiben.

1866 – nach dem verlorenen Krieg gegen Preußen und Italien – führte die strategische Bedeutung der Eisenbahn zu einem Undenken hinsichtlich der Förderung von Eisenbahnunternehmen (Begünstigungen ab 1868: Privilegiendauer von 90 Jahren, Befreiung von der Einkommenssteuer, Erteilung von Bauvorschüssen, Zinsengarantie für das eingesetzte Kapital). Die schlechte Finanzsituation im Zuge der Wirtschaftskrise von 1873 führte zum Sequestrationsgesetz von 1877, das den Staat ermächtigte, überschuldete private Eisenbahnen in seinen Besitz zu übernehmen. So wurde die gänzliche Einlösung der Kaiserin-Elisabeth-Bahn mittels Kundmachung des Handelsministeriums am 24. Juni 1884 vollzogen; die Liquidation der Gesellschaft war am 21. Dezember 1887 beendet.

Der Beginn der Bauarbeiten (vorerst im Abschnitt Wien–Linz) wurde am 31. Juli 1856 aufgenommen. Am 19. November 1858, dem Namensfest der Kaiserin, wurde die kirchliche Weihe der Bahn vorgenommen. Am 15. Dezember konnte die Bahnstrecke Wien–Linz dem öffentlichen Verkehr übergeben werden und der Abschnitt von Linz nach Salzburg verstärkt in Angriff genommen werden. 1859 konnte der Betrieb auf der „k.k. privilegierten Kaiserin-Elisabeth-Bahn“ von Linz bis Lambach aufgenommen werden, im Februar 1860 folgte die Verlängerung bis Frankenmarkt. Bis Ende Juni 1860 konnten sowohl der Salzburger Bahnhof mit sämtlichen Gebäuden und Anlagen als auch das letzte Streckenstück von Frankenmarkt bis Salzburg und weiter bis zur Grenze bei Klessheim fertig gestellt werden. Daher konnte am 20. Juli der Betrieb der Bahn im Frachtverkehr und am 1. August auch im Personenverkehr aufgenommen werden.

Die feierliche Eröffnung der gesamten Bahnverbindung von Wien nach München erfolgte im Beisein von Kaiser Franz Joseph I. und König Maximilian II. von Bayern am 12. August 1860. Der Erzbischof von Salzburg, Kardinal Maximilian Joseph von Tarnóczy, vollzog die Einweihung der Bahn. Diese neue Eisenbahn ermöglichte nun die Verbindung von Wien nach Paris in 36 Stunden. Zwischen Linz und Salzburg verkehrten täglich rund 10 Züge mit einer Fahrdauer von etwa vier Stunden.

Mit wenigen Ausnahmen war die Kaiserin-Elisabeth-Bahn eingleisig erbaut worden. Der zweigleisige Ausbau konnte bis Ende 1902 auf allen Streckenabschnitten bis Salzburg in Betrieb genommen werden. Die Elektrifizierung der Strecke begann nach dem Ersten Weltkrieg von Westen her und wurde erst 1952 abgeschlossen.

Hinsichtlich der Errichtung eines westlichen Eisenbahnnetzes stand Braunau als Anschluss an die bayerischen Eisenbahnen schon 1843 im Gespräch. 1872 wurde schließlich eine Konzession für eine Eisenbahnverbindung von Braunau nach Strasswalchen erteilt. Eine Fortsetzung über Mondsee nach Bad Ischl wurde für späterhin in Aussicht gestellt. Am 12. Juli 1872 erfolgte die Konstituierung der Aktiengesellschaft „k.k. priv. Braunau-Straßwalchner-Eisenbahn“. Noch im gleichen Monat begann die „Oesterreichische Eisenbahn-Baugesellschaft“ des Karl Ritter von Schwarz mit den Bauarbeiten. Eröffnet wurde die Bahn am 10. September 1873. Die Betriebsführung wurde an die Kaiserin-Elisabeth-Bahn vergeben, welche auch die Züge beistellte.

Sehr zu schaffen machte der Braunau-Strasswalchner-Eisenbahn nicht nur die Wirtschaftskrise von 1873, auch die Forderungen der Kaiserin-Elisabeth-Bahn für die Abgeltung des Betriebes konnten bald nicht mehr erfüllt werden, so dass diese am 11. Juli 1874 den Betriebsvertrag kündigte. Verkaufsverhandlungen scheiterten an den zu geringen Angeboten und am 31. August 1875 wurde der Betrieb auf der Braunauer Strecke völlig eingestellt. Die Wiederaufnahme des Bahnbetriebes durch die Kaiserin-Elisabeth-Bahn konnte bereits am 3. September erfolgen. Weitere Verkaufsverhandlungen scheiterten erneut, sodass die Bahn 1877 vom Staat erworben wurde.

1860 hatte Salzburg den Anschluss an das internationale Eisenbahnnetz erhalten, jedoch berührte die Kaiserin-Elisabeth-Bahn nur die Landeshauptstadt und den Flachgau. Die übrigen Landesteile blieben nach wie vor ohne Bahnanschluss. Das im Staatsvertrag mit Bayern von 1851 enthaltene Projekt einer Eisenbahn von Bruck an der Mur nach Salzburg galt zu dieser Zeit noch als undurchführbar. Auch die erstmals 1863 im Zusammenhang mit einer Bahnlinie von Braunau nach Strasswalchen geplante Strecke Salzburg–Golling kam nicht zu Stande.

Schließlich suchte 1869 der Bauunternehmer Karl Ritter von Schwarz um die Konzession für eine Eisenbahn von Salzburg nach Hallein an und erhielt diese auch am 7. September des gleichen Jahres.

Ende April 1870 begann die Unternehmung Fritsch, Theuer & Comp. mit den Bauarbeiten, die binnen 15 Monaten vollendet werden konnten. Die Salzburg-Halleiner Bahn wurde am 15. Juli 1871 offiziell eröffnet, den Betrieb führte die Kaiserin-Elisabeth-Bahn. Täglich verkehrten vier Zugspaare mit einer Fahrtdauer zwischen 36 und 45 Minuten.

Ende der 1860er wurde von den Landtagen der Steiermark, Tirols und Salzburgs vermehrt eine Eisenbahnlinie zwischen diesen Ländern gefordert. Damals waren einige Teilstrecken der Kronprinz-Rudolf-Bahn (von St. Valentin bzw. Amstetten über Selzthal, St. Michael und Villach nach Tarvis) bereits in Betrieb, der Rest im Bau und die Arlbergbahn schon im Projektstadium. Diese beiden Bahnlinien verlangten ebenfalls nach einer Verbindung.

Die Kaiserin-Elisabeth-Bahn erhielt am 10. November 1872 die Konzession für eine Bahnlinie von „Selzthal nächst Rottenmann im Anschlusse an die Kronprinz-Rudolf-Bahn über Radstadt nach Bischofshofen und von da durch das Pongau und das Pinzgau über Zell am See, Saalfelden, St. Johann und Kitzbühel in Tirol nach Wörgl zur Verbindung mit der Nordtiroler Linie der k.k. priv. Südbahn-Gesellschaft sowie von Bischofshofen nach Hallein und Salzburg zum Anschlusse an die k.k. priv. Kaiserin Elisabeth-Bahn in deren Bahnhof zu Salzburg“ mit der Verpflichtung zur Einlösung der schon bestehenden Salzburg-Halleiner Bahn. Da die neue Bahn kein selbstständiges Unternehmen war, kam auch der früher zugedachte Name „Gisela-Bahn“ offiziell nicht zur Anwendung, sondern die Bezeichnung „Salzburg-Tiroler Bahn“.

Die feierliche Eröffnung der Salzburg-Tiroler Bahn fand am 30. Juli 1875 statt, der planmäßige Verkehr mit einer Fahrtdauer Salzburg–Innsbruck von 11 Stunden wurde am 6. August 1875 aufgenommen. Als Teil der Kaiserin-Elisabeth-Bahn ging die Salzburg-Tiroler Bahn ebenfalls am 24. Juni 1884 in den Besitz des Staates über.

1872 entstand die Idee, einerseits die im Raum Grödig bestehenden Industrieunternehmen an das Eisenbahnnetz anzuschließen, andererseits das Ausflugsziel Hellbrunn mit der Stadt Salzburg zu verbinden. Dieser Plan scheiterte durch die Wirtschaftskrise 1873. Alexander Werner, der Direktor der Linzer Tramway-Gesellschaft, nahm 1883 dieses Projekt wieder auf und erhielt am 21. April 1885 die Konzession für diese als Dampftramway auszuführende Linie. Die Strecke vom Salzburger Lokalbahnhof nach Drachenloch, also die Südlinie der Lokalbahn bis zur bayerischen Grenze, wurde am 29. November 1886 eröffnet.^[287] Im Sommer war das Verkehrsaufkommen überaus groß, da viele Ausflügler die Bahn benützten. Im Winter war der Betrieb stark eingeschränkt. In den Jahren 1887/88 ermöglichte der zusätzlich eingeführte Pferdebahnbetrieb zwischen Staatsbahnhof und Stadt Salzburg eine Verdichtung des Fahrplanes auf dieser Teilstrecke.

Das nächste Projekt der SETG sollte die Festung Hohensalzburg, die größte Burg Österreichs und eine der wesentlichen Fremdenverkehrsattraktionen der Stadt Salzburg, einem breiteren Publikum erschließen. Am 1. August 1892 konnte die Standseilbahn auf die Festung eröffnet werden (Wassergewichtsbetrieb bis 1959). Bereits 1502 war unter Erzbischof Leonhard von Keutschach ein Reißzug zum Gütertransport auf die Festung erbaut worden. Der „Muskelantrieb“ konnte 1910 durch eine elektrische Winde ersetzt werden.

Da die Salzburger Lokalbahn nur beim Staatsbahnhof eine Anbindung an das übrige Eisenbahnnetz hatte, mussten auch alle Güterzüge durch die Stadt geführt werden. Daher und auch um die seit 1887 bestehende Zahnradbahn auf den Gaisberg besser an die Stadt Salzburg anzubinden, baute die Salzburger Eisenbahn- und Tramwaygesellschaft (SETG) eine Zweiglinie vom Äußeren Stein nach Parsch, die am 1. Mai 1893 eröffnet werden konnte.

Auch die Orte nördlich von Salzburg (Landwirtschaft, Handwerk, Industrie z. B. Glasfabrik und Torfwerk in Bürmoos) verlangten nach einem Eisenbahnanschluss. Auf der Nordlinie der Salzburger Lokalbahn (Salzburg–Lamprechtshausen) konnte am 16. Mai 1896 der Verkehr aufgenommen werden. Hinsichtlich der Strecken nach Bayern wurde zum einen die Verbindung Salzburg nach Berchtesgaden angestrebt und zum anderen durch die Bayerische Staatsbahn eine Anbindung von Berchtesgaden und Bad Reichenhall in Richtung München. Die in Freilassing von der Hauptbahn Salzburg–München abzweigende Bahnlinie schloss ab 1866 Bad Reichenhall und ab 1888 auch Berchtesgaden an das Eisenbahnnetz an. 1907 kam es zu einem Übereinkommen zwischen Salzburg und Bayern, das Bau und Betrieb einer Eisenbahnlinie von St. Leonhard nach Berchtesgaden regelte. Sowohl die Bayerischen Staatsbahnen als auch die SETG arbeiteten an der Elektrifizierung der Bahn (da die Wagen der SETG weinrot und weiß lackiert waren, wurde sie „Rote Elektrische“ genannt).

Der Stadtgemeinde Salzburg schien der schon bestehende Pferdebahnbetrieb auf den Gleisen der Lokalbahn nicht ausreichend, und sie drängte daher auf die Errichtung einer eigenen Trasse durch die innere Stadt. 1892/93 wurde das Vorhaben verwirklicht. Der Verkehrswert der Pferdebahn war durch die stark gewundene und enge Streckenführung stark eingeschränkt.

Seit 1897 bemühte sich die Salzburger Eisenbahn- und Tramway-Gesellschaft um einen Verkauf des Eisenbahnnetzes. Die Pferdebahn sollte 1899 eingestellt werden, dies wurde aber immer wieder hinausgeschoben. Nachdem 1908 Einigkeit über die Trassenführung der zukünftigen elektrischen Straßenbahn erzielt wurde, konnte mit dem Bau begonnen werden. Eröffnet wurde die Straßenbahn vom Bahnhof bis Platzl am 4. Mai 1909, der Rest bis zum Alten Markt am 3. Juni 1903. Die Verlängerung in Richtung Riedenburg wurde 1915 durch die Erweiterung der Strecke vom Alten Markt durch den Ritzerbogen über den Universitätsplatz zum Sigmundsplatz in Angriff genommen. 1916 konnte die Stadtbahn in die Neutorstraße bis zur Fürstenbrunnstraße mit dem Endpunkt Bayernstraße verlängert werden. Auf Grund der Farbgebung der ersten Triebwagen der Stadtbahn wurde diese auch „Gelbe Elektrische“ oder „Rasende Eierspeis“ genannt.

Die touristische Erschließung des Gaisberges fand durch die Eröffnung einer Zahnradbahn am 25. Mai 1887 ihre Umsetzung. Mit einer Konzession von 1890 konnte auch die Salzkammergut-Localbahn-Gesellschaft am 1. August 1893 die von der Firma Stern und Hafferl gebaute Schafbergbahn eröffnen

Das Gesetz über erleichterte Bau- und Betriebsvorschriften für Lokalbahnen vom 24. Mai 1880 begünstigte die Durchführung vieler Eisenbahnbauten, so auch der Salzkammergut-Lokalbahn (von Salzburg nach Bad Ischl mit einer Zweiglinie von St. Lorenz über Mondsee nach Steindorf-Strasswalchen). Im Sommer wurden sogar Schnellzüge geführt, deren schnellster laut Fahrplan von 1914 die 63 km von Bad Ischl nach Salzburg in 2 Stunden und 18 Minuten zurücklegte.

Als letzter Teil Salzburgs wurde der Lungau von der Eisenbahn erschlossen. Die am 9. Oktober 1894 eröffnete Schmalspurbahn von Unzmarkt an der Kronprinz-Rudolf-Bahn nach Mauterndorf brachte nicht die ursprünglich nach Salzburg gewünschte Verbindung. So veranlasste der Salzburger Landtag 1909 eine Eingabe an das Eisenbahnministerium zum Zweck des Baus einer Eisenbahn in den Lungau. Dem Wunsch nach einem Bahnanschluss für das obere Salzachtal kam die Inbetriebnahme einer schmalspurigen Lokalbahn von Zell am See nach Krimml 1898 nach. Aus Kostengründen war der Endbahnhof Krimml weit entfernt vom eigentlichen Ort angelegt worden. Eine daraufhin geplante elektrische Lokalbahn vom Bahnhof Krimml über den Ort Krimml hin zu den Krimmler Wasserfällen kam jedoch über das Projektstadium nicht hinaus.

Der wichtigste Hafen der österreichisch-ungarischen Monarchie, Triest, war von Wien entweder mit der privaten Südbahn erreichbar oder mit der seit 1887 im Eigentum des Staates stehenden Kronprinz-Rudolf-Bahn. 1900 wurde dem Reichsrat ein Gesetzesentwurf für die Herstellung einer zweiten Bahnverbindung zwischen den nördlich der Alpen gelegenen Ländern der Monarchie und Triest vor. 1901 wurde das Gesetz zum Bau der neuen Alpenbahnen(Pyhrn-, Tauern-, Karawanken- und Wocheinerbahn) beschlossen und sofort die Bauarbeiten in Angriff genommen.

Die Nordrampe der Tauernbahn Schwarzach-St. Veit–Bad Gastein wurde am 19. September 1905 in Anwesenheit von Kaiser Franz Joseph I. eröffnet. Besonders für Gastein, das bisher durch die schwierige Zufahrt benachteiligt war, hatte diese neue Bahnstrecke eine enorme wirtschaftliche Bedeutung. Schwierigkeiten brachte der Bau des Tauerntunnels mit sich. Auch der Bau der Südrampe gestaltete sich sehr aufwändig. Am 7. Juli 1909 konnte die Bahnstrecke von Bad Gastein bis Spittal an der Drau im Beisein seiner allerhöchsten Majestät eröffnet werden. Die Tauernbahn verkürzte den Schienenweg von Salzburg nach Triest um 286 km.

Anfangs fuhren täglich zwei Schnellzüge, vier Personenzüge, vier bis sechs Lokalzüge und zwei bis drei Güterzüge je Richtung. Vor allem im Personenverkehr wurde die Tauernbahn von Anfang an stark frequentiert.

Nach dem Ersten Weltkrieg und der Aufspaltung der österreichisch-ungarischen Monarchie in Nationalstaaten hielt kaum jemand das verbliebene kleine Restösterreich für wirtschaftlich überlebensfähig. Der neue Staat war weitgehend von seinen bisherigen Rohstoffquellen abgeschnitten, die Versorgungslage nach dem Krieg war katastrophal. Trotzdem konnten die Eisenbahnen neue Fahrzeuge beschaffen und erste „Elektrisierungs“-Programme umsetzen.

In den 1920er-Jahren erfolgte allgemein der Übergang von Reisezugwagen mit hölzernem Aufbau zu solchen in Ganzstahlbauweise, was höhere Zuggewichte und Geschwindigkeitssteigerungen zur Folge hatte. Nach dem Zerfall der Monarchie war die Westbahnstrecke zur wichtigsten Verkehrsader der Republik Österreich geworden. Mit der Umstellung auf das Rechtsfahren zwischen Salzburg und Vöcklabruck 1920 ging auch eine Modernisierung der Signal- und Sicherungsanlagen einher. Auf der Tauernbahn führten die Schwierigkeiten des Dampfbetriebes und der stetig wachsende Verkehr dazu, dass 1933 mit den Elektrifizierungsarbeiten begonnen wurde. Ab 1920 wurde die Tauernschleuse zur Beförderung von Kraftfahrzeugen durch den Tauerntunnel eingerichtet. Im Zweiten Weltkrieg wurden erhebliche Gütertransporte über die Tauernbahn abgewickelt.

Die ab 1933 von Deutschland und dann auch Österreich verhängten Einschränkungen des gegenseitigen Verkehrs führten zu starken Umsatzeinbußen auf der Lokalbahn. 1936 verbesserte sich die Lage durch das Ende der Reisebeschränkungen, 1938 bescherte der „Anschluss“ der Lokalbahn kurzfristig ein sprunghaftes Ansteigen der Beförderungszahlen. Ab 1940 wurde die Stadtbahn durch ein Netz von Obuslinien ersetzt. Um die drückende Arbeitslosigkeit der 1920er-Jahre zu lindern, wurden große Bauprojekte vorgenommen, darunter die Errichtung einer Straße auf den Gaisberg; 1929 wurde die Bahn abgebaut.

Primäre Aufgabe nach Ende des Zweiten Weltkrieges war es, die zerstörten Bahnanlagen wieder befahrbar zu machen und das beschädigte „rollende Material“ aufzuarbeiten. Bereits am 1. Oktober 1945 konnte der durchgehende Zugverkehr zwischen Linz und Salzburg wieder aufgenommen werden.

Schon bald wurden Verbesserungen der Infrastruktur und die Beschaffung neuer Fahrbetriebsmittel in Angriff genommen. Ab 1952 war die Westbahn bis Wien durchgehend elektrifiziert. Auf der Westbahn und den anderen Hauptstrecken in Salzburg wurden nach und nach Verbesserungen (Lichtsignale, Gleisbildstellwerke, Ausrüstung mit „Indusi“/induktive Zugsicherung zur automatischen Stoppung, Geschwindigkeitserhöhungen, Linienverbesserungen durch Begradigungen, lückenlos verschweißte Schienen, Gleiswechselbetrieb, Fernsteuerung kleinerer Bahnhöfe) durchgeführt.

Seit 1966 sind durch ein Abkommen mit der Deutschen Bundesbahn gegenseitige Triebfahrzeug-Durchläufe möglich. Eine Umschichtung des Verkehrs zwischen Salzburg und Innsbruck begann ab 1967, als zum ersten Mal Schnellzüge im Korridorverkehr über Rosenheim geführt wurden. In den späten 1960er-Jahren wurde der durchgehende zweigleisige Ausbau der Tauernbahn und eine Geschwindigkeitserhöhung auf 120 km/h in Angriff genommen, die Baumaßnahmen sind bis heute nicht abgeschlossen.

Für Freunde nostalgischer Eisenbahnen bietet die Österreichische Gesellschaft für Eisenbahngeschichte Dampfzug-Sonderfahrten an.