1617 kam es unter Fürsterzbischof Marcus Sitticus zur Gründung eines Gymnasiums, 1622 kam es zur feierlichen Eröffnung einer Volluniversität mit drei Fakultäten (Rechtswissenschaften, Theologie, Philosophie), für kurze Zeit (1804–1807) bestand auch eine Medizinische Fakultät. In den knapp 200 Jahren ihres Bestehens als Ordensuniversität wurde die Benediktineruniversität Salzburg von 32.000 Studenten aus fast allen Ländern Mittel- und Südeuropas besucht.

Am 24. Dezember 1810 wurde die Aufhebung der Benediktineruniversität durch den bayerischen König Maximilian I. verkündet; in den Jahren 1810 bis 1850 kam es zur Errichtung eines Lyzeums mit drei Sektionen: Theologie, Philosophie sowie eine medizinisch-chirurgische Lehranstalt. Nach der Unterrichtsreform durch Graf Leo Thun 1850 wurde die Theologische Sektion des Lyzeums zur Theologischen Fakultät erhoben, die anderen Sektionen wurden aufgelassen. 1884 wurde der katholische Universitätsverein mit dem Ziel errichtet, eine Katholische Universität in Salzburg zu gründen. Dem gleichen Ziel diente die 1928 erfolgte Gründung der „Katholischen Hochschulwochen“. Während des Dritten Reiches blieb die Theologische Fakultät in den Jahren 1938 bis 1945 geschlossen. 1962 wurde durch ein Bundesgesetz die Universität Salzburg als staatliche Universität mit drei Fakultäten wieder errichtet. Am 1. Oktober 1995 wurde das neue Universitäts-Organisationsgesetz 93 schrittweise wirksam, 2004 trat das UOG 2002 vollständig in Kraft. Beide Gesetze sollen die Autonomie der Universitäten in Richtung Vollrechtsfähigkeit stärken.

1617 wurde von Erzbischof Markus Sittikus der unverbaute Teil des Frauengartens als Areal für die künftigen Universitätsbauten bestimmt und 1618 der Grundstein zum Bau gelegt. Nach einer provisorischen Fertigstellung des halben Teiles des Wohnbaues konnten auf Grund der Wirren des Dreißigjährigen Krieges am 5. Jänner 1621 die Wohngebäude für die Universitätsbauten fertig gestellt werden. In den Jahren 1622 bis 1623 dachte man an einen Neubau des Universitätsgebäudes im Bereich Bergstraße, erst ein Plan von Santino Solari zum Ausbau des Frongartens 1630 führte 1631 zur Errichtung der Großen Aula. Ursprünglich hatte die Aula die Gestalt eines Sakralbaues mit Altären, ehe sie zum akademischen Hörsaal umgebaut wurde. 1694 bis 1704 wurde an das Studiengebäude die Kollegienkirche vorgebaut. 1655 bis 1663 (Anbau der Kreuzkapelle) erfolgte die Fertigstellung des heutigen Studiengebäudes.

Mit der Wiedererrichtung der Universität Salzburg 1962 kam die Forderung nach einer Altstadtuniversität auf, die jedoch nur teilweise im Stadtzentrum verwirklicht werden konnte. In den Jahren 1970 bis 1979 konnte nach der Wiedererrichtung der Universität Salzburg das Studiengebäude umgebaut werden, die Universitätsbibliothek und die Institute der Theologischen Fakultät konnten ihre heutigen Räume beziehen. 1986 wurde die Naturwissenschaftliche Fakultät in Freisaal eröffnet. 1988 konnte die Max-Gandolph-Bibliothek im Neugebäude der Residenz von der Universität bezogen werden. 1989 wurde das Institutshaus der Gesellschaftswissenschaften eröffnet. 1992 wurde der Toskanatrakt in der Residenz für die Rechtswissenschaftliche Fakultät übergeben. 1994 wurden die Kapitelhäuser übergeben (Rektorat, Zentrale Verwaltung, Teile der Juridischen Fakultät).

Zum Studienjahr (4. November bis 8. September) fanden verschiedene akademische Feiern und Festakt statt. Am Feste des Universitätspatrons Karl Borromäus (4. November) wurde jedes Jahr in einer Bekanntmachung (Promulgation) der Amtseid des Rektors auf die Universität erneuert (Ablegung des Glaubensbekenntnisses). Daneben gab es auch Promotionen und Sponsionen, welche in der aula academica (öffentliche) oder in der stuba academica (private) stattfanden. Als Veranstaltungsort wird auch das so genannte auditorium majus genannt, das mit der aula academica identisch ist.

Seit ihrer Errichtung 1631 diente die Große Aula auch als Spielort für das Benediktinertheater.^[241] Die Gesamtzahl der Aufführungen des Benediktinertheaters umfasste 654 Stücke. In den Dramen wurden folgende Stoffgruppen behandelt: Bibel, Kirchengeschichte, Historie, Mythen, Sagen und Legenden, Allegorien und Parabeln, Moralitäten, Schwänke und Lehrstücke. Unter den Dramatikern sind die bekanntesten Textdichter Thomas Weiss, Simon Rettenbacher, Otto Aicher, Placidus Seiz, Karl Bader, Alan Ritter, Coelestin Leuthner, Marian Wimmer, Placidus Scharl, Florian Reichssiegel.

Die bevorzugten Themenbereiche waren Finals- oder Hauptkomödien, welche am Schluss des Schuljahres aufgeführt wurden. Es gab auch kombinierte Aufführungen zu anderen Ereignissen, so zum Einritt des Erzbischofs Paris Lodron 1621, zum Domweihefest 1628, Fürstenbesuche, die Eröffnung des Neuen Theaters 1661, der Besuch Kaiser Leopolds I. 1665, eine Fürstenhochzeit 1688 und die Einweihung der Kollegienkirche 1707, die Domweihe 1628 und die 1100-Jahrfeier der Salzburger Kirche. Es gab Weihnachtskomödien, in der Fastenzeit wurde am Karfreitag und am Aschermittwoch Theater gespielt, ebenso zu Ostern.

Landesfürstliche Verordnungen: Eine ganze Reihe von Verordnungen (1644 gegen nächtlichen Rumor, 1711 nächtliches Musizierverbot und Verbot gegen das Betteln, 1803 Weinausschankverbot) sollte Gesetzesverletzungen durch Studenten verhindern.

Studentenstreik 1711 und der Fall „Würth“: Obwohl an der Universität die körperliche Züchtigung im Normalfall nicht angewendet wurde, kam es bereits 1662 zur Bestrafung von Studenten wegen angeblicher Zauberei mit Rutenstreichen auf Befehl des Rektors. 1711 wurde aufgrund einer Schmähschrift gegen Rektor Pater Coelestin Rohrmoser folgendes Urteil – der angeklagte Student Wolfgang Ignaz Rudolph von Würth aus Bamberg bestritt die Autorschaft – ausgesprochen: Abbitte, sofortige Relegation (Verweis) und 25 Stockhiebe.

Zudem wurden Sexualdelikte an Frauen, diverse Studentenexzesse und Raufhändel, Beleidigungen von Nonnen, abergläubische Schatzgräberei, Beschuldigung der Ketzerei, Schulden von Studenten und betrügerische Machenschaften (der „Fall Tunora“ 1803–1805) geahndet.